cBioPortal klienti

Hierarchie

Tři klienti dědí z CBioPortalCoreClient (variants/cbio_core.py):


CBioPortalCoreClient (sdílené metody)
├── CBioPortalExternalClient  — obohacení variant
├── CBioPortalMutationClient  — vyhledávání mutací
└── CBioPortalSearchClient    — agregace na úrovni genů

Sdílené metody

CBioPortalCoreClient poskytuje:

get_gene_id() — převod symbolu genu na cBioPortal ID
get_mutation_profiles() — profily mutací pro studii
fetch_mutations_batch() — dávkové načtení mutací

HTTP adapter

Všichni klienti používají CBioHTTPAdapter (utils/cbio_http_adapter.py) pro HTTP komunikaci s cBioPortal API.

Automatické obohacení

Při vyhledávání variant CzechMedMCP automaticky obohacuje výsledky o cBioPortal data:

Frekvence mutací napříč studiemi
Ko-výskyt s dalšími mutacemi
Mutační profily pro geny